Cikal bakal NSSBS adalah Sekolah Alkitab Sumatra Bagian Selatan (SASBS) yg berdiri pada tanggal 2 Januari 1989 di Desa Gisting Lampung dengan menempati gedung Gereja milik Jemaat Gisting. Program yang ditawarkan adalah Diploma 2 Teologi. Sdr. Barry T. Hatcher sebagai Direktur Pertama sekaligus pendiri dari SASBS. SASBS kemudian berganti nama menjadi Akademi Alkitab Sumatra Bagian Selatan (AASBS) setelah terbitnya surat izin penyelenggaraan dari Kementerian Agama RI tahun 1998. Sdr. Alex Daniel sebagai direkturnya. AASBS menempati gedung permanen di Way Halim Bandar Lampung dan tetap mempertahankan tanggal 2 Januari sebagai hari dies natalis. Program yang diselenggarakan adalah Diploma 3 Teologi.
Untuk tidak melupakan akar sejarahnya meskipun NSSBS adalah sebuah institusi baru maka tanggal 2 Januari tetap dipakai sebagai hari dies natalis NSSBS yg secara official berdiri tanggal 2 Januari tahun 2021 di Desa Sawangan Tombulu Minahasa Sulawesi Utara. NSSBS membuka Program setara S1 Teologi Biblika (Bachelor of Biblical Studies) dan secara terbatas membuka program setara S2 Teologi Biblika (Master of Biblical Studies). Saat ini seluruh dosen full time berijazah S2 dan S3.